Una de las naves llevaba 228 personas a bordo, lográndose rescatar con vida sólo a 203, luego de que se hundiera. La otra, un superferry de carga, con casco de acero, transportaba a 1.700 personas que resultaron sin una nana.

Las operaciones de rescate se prolongaron por horas y horas, luego del anochecer, en busca de sobrevivientes del "San Nicolás", de casco de madera, que chocó al transbordador Los dueños de ambos barcos dijeron haber estado en la ruta correcta en el momento del choque. Sin embargo, varios testigos dijeron que el "San Nicolás" embistió al Superferry 12 en su lado de babor y fue arrastrado durante un rato antes de quedar atorado en una escalera de abordaje.

Hilda Custodio, una sobreviviente, contó que "la proa de la nave se hizo pedazos y se hundió rápidamente. Corrimos al lado que estaba más arriba y saltamos por una ventana. Mi esposo y uno de mis hijos saltaron primero. No sé dónde están".

La guardia costera y la armada más algunos buques comerciales prestaron ayuda a las víctimas del naufragio, la que se vio dificultada por el fuerte oleaje de un mar agitado.

El incidente ocurrió mientras lluvias monzónicas y fuertes vientos castigaban el norte y el centro de Filipinas.